Chi guarda da valle la città di Assisi nota immediatamente le emergenze monumentali che ne caratterizzano il panorama e ne hanno caratterizzato le rappresentazioni iconografiche e cartografiche che ci sono pervenute: si tratta della Rocca, della Torre di Piazza del Comune, della cattedrale di San Rufino e delle basiliche di San Francesco e Santa Chiara, queste ultime disposte alle estremità dell'asse viario principale della città. Già la Basilica di San Francesco "caput et mater" dell'ordine, come la definisce Gregorio IX, aveva segnato profondamente la struttura urbana della città, quando l'altra basilica "sepolcrale", quella di Santa Chiara, veniva fatta costruire appena fuori le mura, vicino alla chiesa di San Giorgio, oltre la porta omonima; ben presto però la cittadinanza volle che la cinta muraria fosse ampliata per inglobare la chiesa che conservava le preziose reliquie della santa madre delle "damianite". Dopo la sua morte, avvenuta l'11 agosto del 1253, le spoglie mortali della Santa furono sepolte presso la chiesa di San Giorgio. Nella Vita di Santa Chiara Vergine di Tommaso da Celano si legge che il luogo fu scelto perché non si riteneva "...né sicura né degna cosa che sì prezioso pegno resti tanto lontano dai cittadini..." e dunque il corpo "...levato con inni e lodi, con clangore di trombe e giubilo solenne..." fu trasportato nella chiesa di San Giorgio dove, provvisoriamente, aveva trovato riposo anche il corpo di San Francesco, prima della traslazione presso la basilica a lui dedicata. In realtà l'inizio dei lavori per la costruzione di questa nuova chiesa francescana fu contrastato da non pochi problemi, creati soprattutto dai Canonici e dal capitolo della Cattedrale proprietari della chiesa e dell'ospedale di San Giorgio. Le "povere dame di San Damiano" desideravano trasferirsi nel luogo dove la loro madre fondatrice era stata sepolta. Un lodo arbitrale, pronunciato dal cardinale Giovanni di Toledo il 1° ottobre 1253, stabilì che al Vescovo di Assisi e al capitolo della Cattedrale sarebbero stati assegnati in proprietà San Damiano e 12 stari di terra, al Capitolo venivano assegnate anche 235 libbre di denari lucchesi e al rettore dell'ospedale 816 libbre perché facesse ricostruire quell'ospedale altrove; alle monache, in cambio, venivano assegnati la chiesa e l'ospedale di San Giorgio e un appezzamento di terra nelle pertinenze. I realtà la diatriba sull'argomento si protrasse con varie vicissitudini per più anni, fino a che papa Alessandro IV risolse definitivamente la questione con un "mandato" in cui minacciava di cacciare i canonici dalla cattedrale di San Rufino e di scomunicarli, se avessero disturbato l'esecuzione di quanto stabilito nella sua e nelle lettere papali precedenti impedendo lo stanziamento delle "consorelle" di santa Chiara presso il luogo di sepoltura della loro madre e fondatrice. In ogni modo, nonostante le questioni relative alla proprietà, alcune "monache" si erano trasferite nella nuova sede, probabilmente, già dal 1253; nel luogo aveva anche trovato posto una piccola comunità di frati che avevano il compito di svolgere i servizi liturgici quotidiani. Nel 1257, con tutta probabilità, iniziarono i lavori per la costruzione della nuova chiesa e nel 1260 vi fu traslato il corpo di santa Chiara. Nel settembre 1265, con grande solennità, la basilica fu consacrata dal cardinale Rodulphus de Chevrière, mentre lo stesso pontefice Clemente IV ne consacrava l'altare maggiore, conferendo rilevanti privilegi alla chiesa e ai visitatori. L'opera fu portata a compimento nel secolo XIV. La basilica sorse a somiglianza della "sorella maggiore", quella di San Francesco, imitandone le forme e le strutture pur differenziandosi da quella per caratteristiche e soluzioni architettoniche originali. La basilica di Santa Chiara con le strutture annesse, insieme alla Basilica e al Convento di San Francesco rappresentano, anche di fatto, un particolare rapporto tra i francescani e la città di Assisi; di questo particolare rapporto sono testimonianza storica anche le disposizioni curiali che dal 1265 stabiliscono che nessun edificio di culto poteva essere costruito entro lo spazio di rispetto di 300 canne da entrambe le basiliche. Niccolò IV, nel 1288, arrivò a proibire a chiunque appartenente a qualsiasi ordine mendicante o meno di fondare chiese, oratori, conventi o monasteri, nella città di Assisi e nei sobborghi, nel contado fino a 200 canne dalle mura. La preponderanza dei francescani nel piccolo spazio urbano della città si manifesta non solo per le dimensioni dei due monumenti, sproporzionate rispetto alle strutture della città stessa, ma perché essi divengono emblemi degli ordini francescani rappresentando significati che travalicano la realtà della piccola città di Assisi, caratterizzandola però a tal punto da divenire essa stessa immagine della "città francescana".

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